Cov txheej txheem:

Lub Hlwb Lub Hlwb: Taug Qab Neural Ntim Sijhawm: 20 Kauj Ruam
Lub Hlwb Lub Hlwb: Taug Qab Neural Ntim Sijhawm: 20 Kauj Ruam

Video: Lub Hlwb Lub Hlwb: Taug Qab Neural Ntim Sijhawm: 20 Kauj Ruam

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Video: Saib Mis paub Poj niam (hluas nkauj) tus yam ntxwv lub siab 2024, Kaum ib hlis
Anonim
Lub Hlwb Lub Hlwb: Taug qab Neural Ntim Sijhawm
Lub Hlwb Lub Hlwb: Taug qab Neural Ntim Sijhawm

Kev nce qib mus rau pem hauv ntej ntawm tib neeg lub neej ntev dua tau nthuav tawm kev nce ntawm cov kab mob tsis pom los ntawm kev vam meej ua ntej peb. Ntawm cov no, Alzheimer's cuam tshuam kwv yees li 5.3 lab tus neeg Asmeskas cov neeg laus nyob rau xyoo 2017, lossis kwv yees li 1 ntawm 10 tus neeg laus Asmeskas (https://www.alz.org/facts/) thiab suav tsis txheeb lwm tus nrog kev dementia. Txhawm rau pab hauv kev sib ntaus kom nkag siab dab tsi cuam tshuam rau peb cov txwj laus, txoj cai no yuav ua rau cov kws tshawb fawb yav tom ntej thiab xav paub ntau ntxiv nrog lub peev xwm los taug qab lub hlwb ntim dhau sijhawm.

Kauj Ruam 1: Siv Lub Hlwb Lub Hlwb

Siv Lub Thawv Lub Hlwb
Siv Lub Thawv Lub Hlwb

Txhawm rau siv lub hlwb lub thawv, ib tus tsuas yog xav tau cov hauv qab no:

  • MRI tshuaj xyuas lub hlwb thiab lub npe thiab hom ntawv ntawm cov ntaub ntawv no (yuav tsum muaj qhov sib npaug ib yam nkaus)
  • Ntev ntawm ib qho scan
  • Qhov nrug ntawm txhua txheej (MRI scan)
  • Tus Neeg Mob Lub Npe (Thaum nkag mus, tsis suav nrog cov chaw thiab thov sau lub npe thiab lub xeem, xws li: Npe Npe Lub Npe)

Thiab los ntawm qhov no, ib tus muaj lub peev xwm los taug qab cov tib neeg kev hloov pauv hauv lub paj hlwb ntau lub sijhawm. Yog li, cov lej rau Alzheimer's cov kev hloov pauv tuaj yeem taug qab los ntawm cov software no. Qhov ntev peb siv hauv kev sim yog 180 hli rau qhov ntev ntawm ib qho scan thiab 5 hli rau qhov nrug nruab nrab ntawm MRI ntsuas, raws li qhov nruab nrab cov duab.

Txawm li cas los xij, daim ntawv thov lub hlwb lub thawv yuav tsum tsis raug txwv rau txoj haujlwm no. Yog tias ntu ntu ntawm cov khoom tau muab yog duab, zoo li qog nqaij hlav ib leeg, cov kev hloov pauv hauv ntim rau cov no tuaj yeem suav nrog taug qab hauv software.

Kauj Ruam 2: Intro: Txheeb Xyuas Hla Tshooj

Intro: Txheeb Xyuas Hla Tshooj
Intro: Txheeb Xyuas Hla Tshooj

Hauv peb txheej txheem qauv, ob lub dav hlau dav dav uas zoo li yuav raug hu ua ntu ntu. Xav txog tias pawg ntawv sau ua ib daim duab plaub, ces txhua daim ntawv yuav yog ntu ntu ntawm daim ntawv. Hauv kev xav txog lub hlwb, peb siv tib txoj kev xav. MRI (duab sib nqus sib nqus) (saib cov ntaub ntawv ntawm MRI) ntes cov ntu hla ntawm lub hlwb, thiab los ntawm kev siv cov ciam teb tau hais tseg hauv txhua "txheej" ntawm lub hlwb muab, peb tuaj yeem tsim qauv los ua qauv thiab pom qhov ntim ntawm lub hlwb.. Peb yuav tsum xub tsim lub luag haujlwm los muab cov ntaub ntawv ntawm cov ciam teb no txawm li cas los xij.

Kauj Ruam 3: Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m

Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m
Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m
Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m
Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m
Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m
Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m
Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m
Teem Sijhawm Ua Haujlwm: LevelCurveTracings.m

Ua ntej tshaj, xyuas kom koj lub khoos phis tawj muaj MATLAB_R2017b rub tawm (rub tawm ntawm no) thiab qhib MATLAB. Hauv MATLAB interface, nyem rau ntawm lub pob nyob rau sab saud sab laug ntawm lub qhov rais uas hais tias "Tshiab" nrog cov xim daj ntxiv rau kos npe, thiab xaiv qhov kev xaiv "ua haujlwm", qhib hauv lub qhov rai editor qhov chaw uas zoo ib yam li hauv daim duab thib peb. Peb yuav tsom mus rau kev hloov pauv thawj kab los teeb tsa txoj haujlwm. Qhov twg nws hais "outputArg1", hloov nws nrog "hlwb", "outputArg2" hais "qhov", "tsis muaj npe 2" rau "exp2", thiab "inputArg1" rau "duab", thiab rho tawm "inputArg2". Tam sim no koj muaj lub luag haujlwm hu ua siv "exp2", siv ib qho kev sib cav "duab" thiab nthuav tawm thaj tsam ntawm "hlwb" thiab "qhov". Thawj kab ntawm txoj haujlwm yuav tsum zoo ib yam li kab lus piav qhia hauv daim duab thib plaub. Rho tawm txhua txoj cai hauv qab kab ntawv no.

Kauj Ruam 4: Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Nrhiav Ciam Teb

Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Nrhiav Ciam Teb
Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Nrhiav Ciam Teb

Ntaus cov cai raws li hauv qab no kab. Nqe lus ntawm txoj haujlwm no ua kab-kab-kab hauv qab no.

  1. Thauj khoom hauv daim duab "duab" rau hauv qhov hloov pauv "mri".
  2. Tig "mri" rau hauv cov duab ua los ntawm qhov muaj nuj nqis hauv ntau ntawm tus lej rau tus lej thiab zeros (aka binarizing) raws li tus txheej txheem pib tus nqi. Yog tias tus nqi hauv pixel sib npaug lossis ntau dua 0.1, nws tau teeb tsa rau ib qho, yog tias tsis yog, tus nqi ntawm lub pixel ntawd tau teeb tsa rau xoom.
  3. Cov kab hauv qab no tig 10 kab thiab kab ntawm cov npoo ntawm MRI scan txheej rau hauv xoom, kom tsis txhob nyeem qhov tsis raug raws li ua ciam teb (raws li tau kawm los ntawm kev sim nrog cov cai).
  4. Hauv kab kawg, bwboundaries taug qab qhov ciam teb ntawm cov duab binarized "mri" thiab teeb nws sib npaug rau "b", cov kab nrog cov ntsiab lus uas nws qhov ntsuas tau sib xws nrog cov ciam teb teeb rau ib qho.

Kauj Ruam 5: Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Tsim Cov Txheej Txheem Sab Nraud

Txhim Kho Cov Txheej Txheem Cuam Tshuam: Tsim Cov Txheej Txheem Sab Nraud
Txhim Kho Cov Txheej Txheem Cuam Tshuam: Tsim Cov Txheej Txheem Sab Nraud

Ua raws nrog hauv lub qhov rai editor nrog cov cai hauv qab no hauv daim duab. Tshooj lus ntawm txoj cai no ua kab-kab-kab hauv qab no.

  1. Nrhiav qhov ntev ntawm txhua kab ntawm cov duab binarized "b" (cellfun siv txoj haujlwm ntev rau txhua kab).
  2. Teem "loc" khaws qhov ntev tshaj plaws.
  3. Nrhiav qhov ntsuas ntawm qhov ntev tshaj plaws, teeb tsa hauv "loj tshaj plawsTrace".
  4. Nrhiav qhov loj me ntawm daim duab "mri", uas muaj qhov loj ib yam li "b", thiab teeb tsa rau "BWsize".
  5. Nrhiav tus naj npawb ntawm kab hauv kab lus duab, teeb rau "ysize".
  6. Nrhiav tus naj npawb ntawm kab hauv kab duab, teeb rau "xsize".
  7. Tsim cov array "loj tshaj TraceMat", "ysize" los ntawm "xsize" matrix ntawm zeros.
  8. Nrhiav qhov ntsuas ntsuas sib npaug los ntawm cov ntawv sau ua piv txwv sib xws rau qhov loj tshaj plawsTrace x qhov tseem ceeb thiab y qhov tseem ceeb, khaws hauv vector "lindex".
  9. Hauv cov lej ntawm zeros, "loj tshaj TraceMat", tig cov ntsiab lus ntawm qhov ntsuas uas sib haum rau qhov ntsuas qhov tseem ceeb khaws cia ua cov ntsiab lus hauv "lindex" rau hauv.

Yog li cov txheej txheem txheej txheem "loj tshaj TraceMat" muaj thaj tsam loj tshaj plaws ntawm qhov muab lub hlwb scan hla ntu uas tau npaj ua ib qho nrog cov nraub qaum ntawm xoom

Kauj Ruam 6: Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Ua Haujlwm Nrog Center Point

Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Ua Haujlwm Nrog Lub Chaw Taw Qhia
Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Ua Haujlwm Nrog Lub Chaw Taw Qhia

Tom ntej no, peb yuav tsum ntsuas seb puas hla ntu muaj ntau dua ib cheeb tsam (loj tshaj plaws). Los ntawm kev sim ua kom sib luag ntawm thaj av loj tshaj plaws hauv nruab nrab, peb tuaj yeem pom tias muaj ib cheeb tsam sib txuas, uas yuav ua rau muaj ntau lub hauv paus nruab nrab, lossis muaj peev xwm ntawm ntau thaj tsam.

  1. Siv "regionProps" txhawm rau nrhiav cov ntaub ntawv ntawm cov centroids tam sim no, teeb tsa sib npaug rau cov qauv txheej txheem "tempStruct"
  2. Daim ntawv array "centroids" nrog cov ntaub ntawv los ntawm daim teb "centroid" txuas ua ke ntsug
  3. Siv tus kab ntawv thib ob qhov tseem ceeb ntawm "centroids" (kab rov tav txoj haujlwm tswj hwm)
  4. Khiav lub lim dej txhawm rau txheeb xyuas qhov sib luag ntawm cov centroid mus rau kab rov tav

Kauj Ruam 7: Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Thaum Centroid Tsis Yog Lub Hauv Paus

Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Thaum Centroid Tsis Yog Lub Hauv Paus
Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Thaum Centroid Tsis Yog Lub Hauv Paus

Hauv qhov xwm txheej uas lub hauv paus ntawm cheeb tsam cov kab loj tshaj plaws tsis nyob hauv nruab nrab, peb hla cov theem hauv qab no. Raws li peb tau pom hauv MRI kev tshuaj xyuas, qhov xav tau yog kom muaj lub hauv paus ntawm lub hlwb piav qhia hauv ntu ntu thaum tsis cuam tshuam, yog li tam sim no peb txuas ntxiv cov phiaj xwm thib ob loj tshaj plaws nrog rau qhov loj tshaj plaws hauv "loj tshaj TraceMat"

  1. Teem cov cim keeb kwm mus rau qhov hloov pauv tshiab "b2"
  2. Pib qhov khoob matrix "b2", nrog cov txheej ntsuas los ntawm "loc"
  3. Tsim kom muaj qhov xwm txheej, rau thaum lub centroid tsis nyob hauv nruab nrab (piv txwv li ntau txheej txheej hauv cheeb tsam)
  4. Teem qhov kab me me tshiab kom pom rau txhua kab (traceSize2)
  5. Teem "loc2" txhawm rau nrhiav qhov ntsuas uas muaj ciam teb nyob tam sim no
  6. Cia cov cell tshwj xeeb los ntawm "loc2" hauv "b2" sib npaug rau "loj tshaj Trace2"
  7. Hloov cov ntawv sau ua cim, teeb tsa rau "lindex"
  8. Hloov cov ntsiab lus sib xws rau "lindex" hauv "biggestTraceMat" rau 1
  9. Pib ua qhov khoob matrix "b2", nrog cov txheej ntsuas los ntawm "loc2"

Kauj Ruam 8: Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: cuam tshuam ntawm Qhov

Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Kev cuam tshuam ntawm Qhov
Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Kev cuam tshuam ntawm Qhov

Hauv kev cuam tshuam nrog qhov, qhov txiaj ntsig khaws cia hauv "b2" khaws cov txheej txheem uas tsis yog cov kab ntau tshaj plaws, thiab npaj cov no mus rau qhov ua tiav ntawm "loj tshaj TraceMat" yuav qhia qhov twg muaj qhov nyob hauv cheeb tsam lub hlwb.

  1. Tsim array "filledMat", uas yog ua tiav hauv daim ntawv ntawm "loj tshaj TraceMat"
  2. Tsim array "interferenceMat", a "ysize" los ntawm "xsize" array ntawm zeros
  3. Tsim array "interfnceloc", khaws cov txiaj ntsig los ntawm "b2", sib txuas ua ke ntsug
  4. Tsim array "lindex" los khaws cov cim qhia uas sib haum rau "interfnceloc"
  5. Rau qhov ntsuas hauv "cuam tshuam cuam tshuam" uas sib haum rau "lindex", teeb tus nqi rau 1, ua rau thaj tsam sib txawv

Kauj Ruam 9: Txhim Kho Txoj Cai Cuam Tshuam: Nrhiav Qhov, Ua Ntej Ua Ntej Lub Hlwb thiab Qhov Cuam Tshuam

Txhim Kho Cov Txheej Txheem Cuam Tshuam: Nrhiav Qhov, Ua tiav Lub Cev Lub Cev Lub Cev thiab Qhov Cuam Tshuam
Txhim Kho Cov Txheej Txheem Cuam Tshuam: Nrhiav Qhov, Ua tiav Lub Cev Lub Cev Lub Cev thiab Qhov Cuam Tshuam
  1. Teeb array "tempMat" sib npaug rau "interferenceMat" ntxiv rau "filledMat", yog li ntxiv txhua tus nqi hauv matrix rau ib leeg
  2. Teeb array "holeLoc" sib npaug rau qhov ntsuas qhov "interferenceMat" thiab "filledMat" ob qho tib si sib npaug rau ib qho
  3. Teeb "holeMat" ua xoom matrix ntawm qhov ntev "ysize" x "xsize"
  4. Teem qhov ntsuas hauv "holeMat" uas sib npaug rau "holeLoc" ua ib qho
  5. Teem "lub hlwb" rau "loj tshaj TraceMat"
  6. Teem "qhov" rau "holeMat"

Nrog nrhiav qhov twg qhov tseem ceeb ntawm kev ntxiv matrices tau sib npaug rau 2, qhov chaw nyob tau yooj yim nyab xeeb thiab npaj rau hauv qhov tsis muaj matrix.

Kauj Ruam 10: Txheeb Cov Ntaub Ntawv: Ua Haujlwm PatientFiles.m

Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Ua Haujlwm PatientFiles.m

Ntau yam zoo li kev teeb tsa lub luag haujlwm kawg, nyem rau ntawm lub pob nyob rau sab saud sab laug ntawm lub qhov rais uas hais tias "Tshiab" nrog lub ntsej muag daj ntxiv rau kos npe, thiab xaiv qhov kev xaiv "ua haujlwm", qhib hauv lub qhov rai editor qhov chaw uas zoo ib yam li hauv daim duab thib peb. Hauv thawj kab, rho tawm cov lej sib txawv thiab hloov nrog tsuas yog "tso tawm", hloov "tsis muaj npe2" nrog "tus neeg mob cov ntaub ntawv", tshem tawm txhua qhov kev sib cav tswv yim, thiab hloov ua raws li kev teev tseg hauv daim duab plaub ntawm kab kab. Thawj kab ntawm txoj haujlwm no yuav tsum sib phim cov duab ntawm daim duab.

Kauj Ruam 11: Txheeb Cov Ntaub Ntawv Rau Hauv Cov Ntaub Ntawv

Logging Cov Ntaub Ntawv rau Cov Ntaub Ntawv
Logging Cov Ntaub Ntawv rau Cov Ntaub Ntawv
Logging Cov Ntaub Ntawv rau Cov Ntaub Ntawv
Logging Cov Ntaub Ntawv rau Cov Ntaub Ntawv

Txhawm rau teeb tsa cov ntaub ntawv los teev cov ntaub ntawv pom los ntawm lub luag haujlwm tseem ceeb (tseem tsis tau piav qhia), peb yuav tsum ua raws cov theem no (raws li tau hais tseg los ntawm txoj cai kab-los-kab).

  1. Txheeb xyuas yog tias cov tswv yim rau tus neeg mob lub npe yog txoj hlua.
  2. Yog tias nws tsis yog txoj hlua, qhia tias tus neeg mob lub npe nkag yuav tsum yog txoj hlua.
  3. Xaus qhov if nqe lus (tiv thaiv kev ua yuam kev).
  4. Teeb tsa kab lus "DateandTime" uas yuav muab cov hauv qab no: teev: feeb-hli/hnub/xyoo/xyoo.
  5. Teev npe sib txawv fileName rau cov hauv qab no: patientName.m.

Tam sim no mus rau ntu tom ntej ntawm txoj haujlwm: Puas muaj cov ntaub ntawv ntawm lub npe no twb muaj lawm?

1) Xav tias cov ntaub ntawv ntawm lub npe no twb muaj lawm:

  1. Khiav cov ntaub ntawv kom tau txais qhov txiaj ntsig los ntawm yav dhau los queued up
  2. Ntxiv cov "DateandTime" cov ntaub ntawv ntawm qhov rov ua dua tam sim no raws li lub cell tshiab hauv cov xov tooj ntawm tes ntawm x qhov tseem ceeb (qhov xaus kawg+1)
  3. Ntxiv qhov tam sim no "brainVolume" tus nqi raws li lub cell tshiab hauv cov xov tooj ntawm tes ntawm y qhov tseem ceeb (qhov ntsuas kawg+1)
  4. Txuag qhov hloov pauv tam sim no thauj khoom hauv cov ntawv.

2) Piv txwv tias cov ntaub ntawv ntawm lub npe no tsis muaj nyob:

  1. Tsim cov ntawv tshiab nrog lub npe khaws cia hauv qhov sib txawv "patientName"
  2. Ntxiv cov ntaub ntawv "DateandTime" tam sim no ua lub xov tooj ntawm tes rau hauv qhov khoob ntawm tes ntawm x qhov tseem ceeb
  3. Ntxiv cov ntaub ntawv "brainVolume" tam sim no ua lub cell rau hauv qhov khoob ntawm tes ntawm qhov tseem ceeb y
  4. Txuag qhov hloov pauv tam sim no thauj khoom hauv cov ntawv.

Kauj Ruam 12: Txheeb Cov Ntaub Ntawv: Zam Cov Plot ntawm Lub Hlwb Ntim Sijhawm

Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Tso Tawm Cov Phiaj Xwm ntawm Lub Hlwb Ntim Sijhawm
Cov Ntaub Ntawv Teev Npe: Tso Tawm Cov Phiaj Xwm ntawm Lub Hlwb Ntim Sijhawm
  1. Hloov cov x qhov tseem ceeb array (xVals) rau hauv ib pawg categorical (xValsCategorical), kom tso cov phiaj xwm
  2. Tsim daim duab qhov rai 5
  3. Npaj cov ntsiab lus tau teev tseg los ntawm "xValsCategorical" thiab "yVals" (muaj lub hlwb ntim), siv lub voj voos hollow los qhia cov ntsiab lus thiab kom txuas nrog cov kab sib txuas
  4. Sau lub ntsiab lus raws li: tus neeg mob Lub Npe Lub Hlwb Ntim Cov Ntaub Ntawv
  5. Sau daim ntawv x axis raws li qhia hauv daim duab
  6. Sau daim y axis raws li qhia hauv daim duab
  7. Cia daim duab 5 sib npaug rau cov zis

Los ntawm qhov no, kev ua haujlwm patientName raug hu yuav muab cov ntaub ntawv nrog kho cov ntaub ntawv khaws tseg ntawm lub hlwb ntim dhau sijhawm, thiab cov phiaj xwm nthuav tawm cov ncauj lus.

Kauj Ruam 13: Kaw Qhov khoob hauv Subplots: Subplotclose.m

Kaw Qhov khoob hauv Subplots: Subplotclose.m
Kaw Qhov khoob hauv Subplots: Subplotclose.m

Kev ua haujlwm, hloov pauv los ntawm tus lej los ntawm https://www.briandalessandro.com, ua haujlwm kom kaw qhov khoob ntawm nruab nrab ntawm cov lej hauv qab ntawm cov lej tseem ceeb, thaum cov duab tso saib cov duab MRI thiab txheej txheej ntawm lub hlwb tau tsim. Subplot muaj nuj nqi siv nyob rau hauv subplotclose.m hloov txoj haujlwm ntawm cov subplots muab kom haum snugly agains ib leeg nyob rau hauv lub nam ntawm qhov ntev dua. Piv txwv li, yog tias txoj cai npaj rau 7 x 3 matrix, kab yuav haum zoo li kab kab ntev dua. Yog tias txoj cai npaj rau 3 x 7 matrix, kab ntawv yuav haum zoo, nrog qhov khoob ntawm kab, raws li pom hauv cov duab ntawm peb cov cai tseem ceeb.

Kauj Ruam 14: Txoj Cai Tseem Ceeb: Tshem Tawm Txhua Qhov thiab Ua Kom Nkag Siab

Txoj Cai Tseem Ceeb: Tshem Tawm Txhua Qhov thiab Ua Kom Nkag Siab
Txoj Cai Tseem Ceeb: Tshem Tawm Txhua Qhov thiab Ua Kom Nkag Siab

Txhawm rau pib cov cai tseem ceeb, nyem rau tib lub pob uas hais tias "Tshiab" nyob rau sab saud sab laug ntawm lub qhov rais, thiab xaiv "Tsab Ntawv" hloov ntawm "Ua Haujlwm" los ntawm ntu ua ntej. Ntaus tus lej raws li qhia hauv daim duab hauv lub qhov rai editor. Cov kab ntawm cov cai ua cov haujlwm hauv qab no hauv kev txiav txim:

  1. Kaw tag nrho cov ntaub ntawv qhib tshwj tsis yog 0, 1, thiab 2.
  2. Kaw txhua daim duab qhov rai.
  3. Tshem tawm txhua qhov hloov pauv hauv chaw ua haujlwm.
  4. Tshem qhov Command Window.
  5. Zaub hauv Qhov Kev Hais Kom Nkag Mus: Thov nkag mus rau qhov ntev hauv qab no rau MRI ntsuas:
  6. Ntawm kab tshiab hauv Command Window, nug: Ntev ntawm ib qho scan hauv milimeters:. Cov lus teb muab los ntawm tus neeg siv yuav raug teeb tsa mus rau qhov sib txawv "lengthMM".
  7. Ntawm kab kab tshiab, nug: Qhov nrug ntawm MRI ntsuas hauv milimeters:. Cov lus teb muab los ntawm tus neeg siv yuav raug teeb tsa mus rau qhov sib txawv "ZStacks".

Kauj Ruam 15: Txoj Cai Tseem Ceeb: Batch Ua Cov Duab

Txoj Cai Tseem Ceeb: Batch Ua Cov Duab
Txoj Cai Tseem Ceeb: Batch Ua Cov Duab
Txoj Cai Tseem Ceeb: Batch Ua Cov Duab
Txoj Cai Tseem Ceeb: Batch Ua Cov Duab

Hauv ntu no, tus lej yuav thauj cov duab (suav nrog MRI kev tshuaj xyuas ntawm ntu ntu ntawm lub hlwb) thiab khaws cov npe ntawm txhua daim ntawv duab hauv qhov sib txawv "Base" thiab tso saib txhua qhov MRI ntsuas. Thov ua raws nrog cov cai hauv daim duab, uas ua cov hauv qab no:

  1. Tsim cov qauv txheej txheem "BrainImages" uas muaj cov ntaub ntawv ntawm txhua cov ntaub ntawv hauv daim nplaub tshev tam sim no uas haum lub npe hom ntawm MRI _ (). Png
  2. Teeb sib txawv "NumberofImages" sib npaug rau cov lej hauv cov qauv "BrainImages"
  3. Qhib daim duab qhov rai 1
  4. Teem lub voj rau lub voj voog mus rau tus lej ntawm cov duab suav hauv cov ntawv
  5. Rau txhua lub voj, "CurrentImage" yog lub npe ntawm txhua cov ntaub ntawv MRI_i.png, nrog tus lej rov ua dua li 'kuv'
  6. Tsim kom muaj 3 x 7 subplot los tso saib 19 cov duab kom rub los ntawm "imshow"
  7. Muab txhua daim duab los ua lwm qhov hauv lub subplot daim duab qhov rai
  8. Title txhua subplot ntsiab lus raws li Level_, qhov uas tsis muaj dab tsi yog tus lej rov ua dua ntawm lub voj.
  9. Xaus rau lub voj (zam kev ua yuam kev)

Qhov no yuav tso tawm hauv daim duab qhov rai 1 txhua qhov MRI ntsuas hauv daim ntawv nyoos hauv 3 x 7 kev teeb tsa uas tsis muaj qhov khoob hauv x kev taw qhia.

Kauj Ruam 16: Txoj Cai Tseem Ceeb: Padding

Txoj Cai Tseem Ceeb: Padding
Txoj Cai Tseem Ceeb: Padding

Nrog padding, peb zam qhov teeb meem ntawm qhov tsis sib xws me me hauv cov duab ntau thiab tsawg uas tuaj yeem ua rau yuam kev rau qhov tsis sib xws hauv qhov xwm txheej uas ib daim duab loj dua lwm qhov.

  1. Qhib daim duab qhov rai 2
  2. Thauj cov duab matrix los ntawm MRI_1-p.webp" />
  3. Nrhiav qhov loj ntawm daim duab matrix thiab teeb rau "OriginalXPixels" (rau tus lej kab) thiab "OriginalYPixels" (rau tus lej)
  4. Teeb lub matrix "BrainMat" kom suav nrog txhua tus zeros nrog 20 ntau kab thiab 20 ntau kab rau txhua lub dav hlau, thiab 19 tag nrho ntu ntu hla, ib lub dav hlau.
  5. Teeb "HolesMat" kom muaj qhov zoo ib yam peb seem ntawm zeros rau cov tswv yim ua haujlwm tom qab
  6. Tsim "zeroMat" kom muaj qhov loj me ntawm ncoo ntxiv rau nees nkaum kab thiab nees nkaum kab, ob seem ntawm zeros.

Kauj Ruam 17: Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav txim siab ciam teb

Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav txim siab ciam teb
Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav txim siab ciam teb
Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav txim siab ciam teb
Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav txim siab ciam teb
  1. Teeb lub voj kom hla cov ntaub ntawv los ntawm txhua daim duab thauj khoom ua ntej
  2. Zoo ib yam ntawm kev ua cov txheej txheem ua ntej, "CurrentImage" thauj cov ntaub ntawv nrog "MRI_i.png", qhov twg kuv yog tus lej rov ua dua
  3. Khiav txhua daim duab los ntawm kev ua haujlwm "LevelCurveTracings2.m" uas koj tau ua yav dhau los
  4. Nrhiav qhov loj ntawm qhov tsim tawm "Lub Hlwb", teeb tus naj npawb ntawm kab rau "Currentrow" thiab tus naj npawb ntawm kab rau "Currentcolumns"
  5. Teeb "CurrentMat" mus rau qhov sib piv ntawm zeros nrog qhov ntev tau teev tseg los ntawm "Currentrow" thiab "Currentcolumns"
  6. Nruab cov ntaub ntawv los ntawm "Lub Hlwb" hauv "CurrentMat", nrog cov npoo ntawm 10 kab ntawm txhua sab
  7. Tsim ib qho subplot ntawm qhov ntev 3 x 7, los qhia thaj tsam ntawm cov duab
  8. Title txhua ntawm cov ntsiab lus tseem ceeb hauv daim duab qhov rai
  9. Tsim kom muaj peb qhov sib txawv "BrainMat" suav nrog txhua txheej txheej "CurrentMat"
  10. Xaus rau lub voj (rau kev zam kev ua yuam kev)

Cov kab ntawv hauv qab no sau rau hauv lub qhov tso rau sab saum toj thiab hauv qab ntawm qhov kev xav tau peb seem

  1. Teeb "LevelCurve1" sib npaug rau thawj txheej ntawm "BrainMat" (hauv qab ntawm cov khoom)
  2. Teeb "LevelCurveEnd" sib npaug rau txheej kawg ntawm "BrainMat" (sab saum toj ntawm cov khoom)
  3. Overwrite "LevelCurve1" nrog rau txheej hauv txheej
  4. Overwrite "LevelCurveEnd" nrog rau txheej hauv txheej
  5. Teem cov ntim hauv txheej raws li txheej txheej hauv qab ntawm "BrainMat"
  6. Teem cov ntim hauv txheej raws li txheej txheej saum toj ntawm "BrainMat"

Kauj Ruam 18: Txoj Cai Tseem Ceeb: Txheeb Xyuas Qhov Z Zoo

Txoj Cai Tseem Ceeb: Txheeb Xyuas Qhov Zoo Z Qhov Loj
Txoj Cai Tseem Ceeb: Txheeb Xyuas Qhov Zoo Z Qhov Loj

Thawj peb kab suav nrog teeb tsa qhov khoob khoob "z", thiab ua haujlwm hloov pauv yooj yim (faib cov pixels los ntawm qhov ntev) kom tau txais kev nyeem kom raug ntawm ntim hauv hli^3

  1. Tsim kom muaj lub voj voos los ntawm txhua txheej
  2. Nrhiav tus naj npawb ntawm cov sawv cev hauv ib txheej
  3. Hloov cov z tswj hwm rau qhov ua rau qhov muaj txiaj ntsig uas tau ntsuas kom haum, teeb tsa rau "tempz", kab ntawv kab
  4. Ntxiv z tus nqi rau qib nkhaus rau vector z

Nrog cov z no tswj tau hloov kho kom raug.

Kauj Ruam 19: Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav X thiab Y Kev Sib Koom

Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav X thiab Y Kev Sib Koom
Txoj Cai Tseem Ceeb: Txiav X thiab Y Kev Sib Koom

Tam sim no los txiav txim x thiab y txoj haujlwm ntawm txhua lub ntsiab lus hauv ciam teb.

  1. Pib "xBrain" ua qhov khoob
  2. Pib "yBrain" ua qhov khoob
  3. Teeb tsa lub voj rau lub voj los ntawm txhua daim duab thauj khoom
  4. Sib sau ua ob kab ntawv los khaws cov phiaj xwm phiaj xwm ntawm txhua kis hauv kab lus, sawv cev los ntawm kab ntawv kab lus "RowBrain" thiab "ColumnBrain"
  5. Ntxiv "xBrain" nrog rau tam sim no pom "RowBrain" kev tswj hwm
  6. Ntxiv "yBrain" nrog rau tam sim no pom "ColumnBrain" kev tswj hwm
  7. Xaus rau lub voj (kom zam kev ua yuam kev)

Kauj Ruam 20: Txoj Cai Tseem Ceeb: Npaj 3 Lub Qauv Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv

Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv
Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv
Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv
Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv
Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv
Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv
Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv
Txoj Cai Tseem Ceeb: Plotting Peb Qhov Qauv, Nrhiav Ntim, thiab Txiav Cov Ntaub Ntawv

Kev siv lub luag haujlwm alphaShape, peb yuav tsim cov qauv peb sab los ntawm qhov uas peb tuaj yeem suav qhov ntim ntawm lub hlwb.

  1. Siv kev ua haujlwm alphaShape, ntsaws rau hauv vectors "xBrain", "yBrain" thiab "z" rau x, y, thiab z tswj hwm, thiab teeb tsa sib npaug rau "BrainPolyhedron"
  2. Qhib daim duab qhov rai 3
  3. Plot tus lej alpha zoo "BrainPolyhedron", tso rau hauv daim duab qhov rai
  4. Xam qhov ntim ntawm cov duab alpha, siv lub luag haujlwm "ntim" uas ua haujlwm rau cov duab alpha
  5. Hloov qhov ntim rau hauv mm^3
  6. Luam tawm qhov ntim ntawm cov khoom nyob rau hauv lub qhov rai hais kom ua
  7. Ua kom tus neeg mob lub npe raug teeb tsa ua tswv yim
  8. Tau txais hnub tim thiab sijhawm tam sim no nrog moos, thiab teeb tsa rau "DateandTime"
  9. Hu ua haujlwm "patientFiles" txhawm rau nkag thiab npaj cov ntaub ntawv suav

Los ntawm no cov duab thib ob thiab thib peb yuav tsum qhia cov duab uas tshwm tuaj, thiab daim duab thib plaub uas yuav tsum tau muab tso rau hauv Command Window.

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